А пока, до конца дня еду за город, и был бы очень обязан за ответы на такие вопросы...
Сразу признаюсь, что эти вопросы крайне тяжелые. И мои ответы вряд ли тебя удовлетворят. Но если хочешь в боженьку веровать, то давай - становись на коленки и приступай бить поклоны. В последнем случае ни мои ответы, ни твои вопросы смысла не имеют.
1. Как ген "прочитывает внешнюю ситуацию"? Имею ввиду восприятие и РЕАГИРОВАНИЕ ЖИВОТНЫХ НА СИТУАЦИЮ... ситуация ведь подвижна, а ген - статичен.
Ген внешнюю ситуацию не прочитывает. Восприятием и реагированием не занимается. Ген - это (условно говоря) принципиальная схема какой-то одной молекулы, которую по этой схеме можно собрать. А сама эта молекула либо сама, либо вместе с другими участвует в выполнении каких-то функций, про которые гену ничего не известно. Т.е. грубо говоря, ген - это трафарет/клише, необходимое для того, чтобы печатать сложные копии одного и того же содержания. Живая клетка сама не может запомнить, в какой последовательности надо собирать между собой аминокислотные блоки, а ген как раз служит той памятью, которая эту последовательность хранит. Типа записной книжки, которой мы пользуемся в той же ситуации - когда не можем вспомнить однообразные цифры телефонов знакомых.
Ген - наследственная информация, передаваемая от предков, и хранится она, как зеница ока! Ни о каком переделе гена в каких-либо прагматических целях не может быть и речи. И если генетическая информация где-то нарушается, то происходит это не нарочно, а исключительно под давлением непреодолимых обстоятельств - ошибок при дупликации, поражения вирусами, ионизирующих излучений, активных радикалов и прочих напастей, полностью избежать которые при всех мыслимых предосторожностях не удается.
Неявно предполагается, что дочерняя клетка, воспроизведенная с ошибкой, умрет или не сможет дать потомство. Но в реальности случается и так, что, несмотря на ошибку в дупликации, потомство с ошибкой в геноме оказывается жизнеспособным и способным к размножению. Это мутация.
Способа распознать и исправить ошибку не существует. Поэтому вопрос "кто прав?" решается практически - кто выживет в межвидовой конкуренции, тот и прав. Если более живучим оказывается мутантный организм, то так тому и быть - мутация признается полезной. А если нет, но ошибка тем и исправляется, что мутировавший подвид вымирает.
Вот таким манером и происходит эволюционный "поиск". Ставлю слово "поиск" в кавычках, понимая, что никто тут ничего специально не ищет, а, напротив, все участники изо всех сил стремятся, чтобы ошибок/мутаций не было. Однако организмов очень много, а потому влияние изменчивости все равно заметно. Ведь чем больше популяция, тем больше вероятность появления в ней разных мутаций.
Проблема того, как содержимое генетического кода влияет на поведение и физиологические механизмы, крайне сложна для анализа, поскольку ген ее прямо не кодирует. Ситуация аналогична автомобилю, который собрали на конвейере по стандартным чертежам из стандартных деталей. Но нигде в чертежах прямо не сказано, как управлять этим автомобилем. Такие инструкции пишут для пользователей другие люди, а собранный автомобиль откликается на органы управления способом, над которым сборщики не властны. Они сделали свое дело - собрали детали, как положено по чертежу, ну а характеристики модели - не их дело. Вот так же и организмы собираются на основании генного материала

.
Мы понимаем, что именно сборка и чертежи определяющим образом влияют на свойства автомобиля, однако "прочесть" эти свойства в чертежах не можем, т.к. этой информации там нет, а как ее получить без испытаний неизвестно.
В принципе эта ситуация вполне ожидаема, поскольку ген никто никогда не планировал, а он сам и формировался посредством непрерывных испытаний на выживание. Т.е. подход тут был не такой - "давайте, мол, изменим в гене то-то и то-то, чтобы достигнуть желаемого эффекта", а совершенно иной - "в соревновании на выживание победил мутант 3612-ый, ура ему!". Причем в последнем случае совершенно неизвестно, посредством чего именно этот мутант оказался в соревновании лучше всех. Конечно, сравнить его геном с геномом проигравших не сложно, только мы все равно по этой разнице, скорее всего, никогда не поймём, каким образом эта разница дала организму столь явные преимущества. В некоторых случаях догадаться о том бывает возможно, но в большинстве случаев - гиблое дело.
Почему не можем догадаться? А потому, что ... не видим логики! А не видим логики потому, что ее действительно не было в процессе образования того мутанта. Ведь если его никто не конструировал и генное изменение специально не планировал, то значит и не было в этом деле никакой логики изначально!

Потому-то и не можем сыскать того, чего никогда не было.
Если подойти к этой проблеме более строго, то окажется, что логикой можно назвать любой формальный алгоритм, способный из совокупности причин предсказать их следствие. Или из совокупности входных сигналов, поступающих в "черный ящик", вычислить сигнал на его выходе. Однако огромная закавыка в том и состоит, что далеко не все причинно-следственные отношения могут быть заведомо алгоритмизированы. И это не мы дураки, которые чего-то недопоняли-недоучились, а мир такой! Т.е. бывают следствия, которые можно получить только посредством реальных испытаний/тестов и никак не иначе. Пример, ты играешь со мной в морской бой

. У меня все кораблики минимального размера 1х1, а правила позволяют мне их устанавливать рядом друг с другом. И вот, пока ты все море не вспашешь, бомбя каждую клеточку, то всех моих кораблей никогда не замочишь. Можно тут какой-то алгоритм придумать, который облегчил бы тебе поиск моих кораблей? - Нельзя! Вот и наш мутант 3612 оказался в счастливой клеточке, а остальные не угадали. А почему та клетка для него отказалась счастливой никто не может знать. Звезды так на небе сошлись

.
Тем не менее, мы можем выследить, какие изменения в геноме приводят к появлению каких-то выраженных признаков, а потом попытать искусственно внедрить такие изменения в геном другого вида. В большинстве таких случаев мы достигаем желаемого - у другого вида появляются те признаки, которые мы "списали" с первого вида. Для не очень сложных организмов, типа мухи-дрозофилы, к настоящему времени составлена полная генная карта мутаций, по которой можно однозначно предсказать, к какому результату приведет мутация в том или ином гене (в смысле, каким будет уродство). Однако эта карта - не логика, а результат огромного числа испытаний над мухами-дрозофилами, подвергавшихся действию сильных мутагенов. Т.е. проследить логику того, как мутация в данном месте приводит к тому или иному изменению физического тела, мы все равно по этим данным не можем. Какой-то простенькой закономерности не оказалось, а для выявления сложных закономерностей этой информации оказалось недостаточно. И в самом деле, было бы наивно думать, что эту логику можно было понять, не вникая о подробности всех биохимических процессов в теле той мухи.
2. Если внешние обстоятельства меняются... то наверное, меняется и геном жителей этой территории? Наверное, им (жителям) надо как-то по другому теперь жить? (И опираться на немого другие команды Пространства?)
Это как сказать. Приспособительные реакции возможны и при неизменном геноме! Известна трава, которая в зависимости от условий произрастания, то выглядит низким кустиком, стелящимся к земле, а то дает высокую стрелку/колос и тянется вверх. При этом геном остается неизменным. Причем, совершенно недавно обнаружили два вида, которые ранее считали разными, а на самом деле оказались одним. Так уж они разительно отличались, произрастая в разных условиях.
Поэтому списывать всю изменчивость только на геном было бы неправильно.
Живой организм - саморегулирующаяся система, которая в зависимости от условий среды может изменять свое состояние порой в очень широких пределах. Кстати, мы, люди отошли так далеко от горилл и шимпанзе в основном благодаря именно этому, а вовсе не по причине такого уж значительного изменения в геноме. Изменения в геноме, как раз весьма скромные, и априорно не позволяющие предположить, что уход человека от своих ближайших "братьев" произойдет так далеко.
3. Как именно ген руководит процессами? Я имею ввиду не механизм "исполнения приказов", а раньше - механизм включения в процесс. Переход из спящего состояния в активное, из уснувшего в императивное... КТО И КАК ЗАПУСКАЕТ большие и малые ритмы физиологии?
Ответ таков. Геном создает (если это можно так назвать) только "механизмы обеспечения обратной связи со средой", а какой окажется "точка равновесия" геном не определяет. И был бы дураком, если бы попытался это определить

. Чем-то это похоже на создателя шахматной программы, который не знает, какой ход сделает при игре его детище. Ибо адаптируется шахматная программа к ходам соперника, с которым она играет, а не к мыслям своего создателя. Вот и организм точно так же адаптируется к среде обитания, не спрашивая у генома советов. Причем, геном всегда готов помочь информацией своему организму, как хороший библиотекарь. Однако книги тут выбирает все-таки читатель в зависимости от того, что для него в данный момент актуально.
Понимаю, что далеко не удовлетворила твое любопытство, но чем могла...